我們都知道腸道內駐著很多細菌，這些細菌有好的也有不好的，當好菌主宰著腸道生態時，腸胃道功能才會正常，大家都知道好壞菌的種類及數量決定腸胃道的健康，然而細菌的分佈狀況則是另一個決定腸胃道健康的重要關鍵， 當細菌過度生長於小腸內，無論滋生的好菌還是壞菌，都可能是萬病之源。
前面有提到小腸分為十二指腸，空腸及迴腸，如果分成兩段，前半段包含十二指腸與空腸，後半段則是迴腸，一般前半段的小腸乳糜每毫升（ml)約含有不超過一千個細菌，如果每毫升超過十萬個細菌則被定義為小腸細菌過肚滋長（SIBO）。
不光是多少或好壞的問題，長在哪裡更是重點？
胃酸的pH值只有1-2，為高濃度強酸，可以把吃進去食物中超過九成以上的細菌給殺死，因此通過胃部到達小腸前半部所剩下來的生菌數是很低的。到了小腸的後半段，細菌數則會慢慢增加。到了大腸以後，菌數則會大幅提高，直腸與外界是相通的，因此含菌數又更高。
因為我們吃進去的營養素主要是在小腸的前半段與酵素消化分解及吸收，因此過度滋生的細菌，無論是好菌還是壞菌，都會跟人體搶食這些營養素，對於還沒有充分分解或已分解的糖分會產生發酵反應，這也是為什麼很多人在吃完東西後就會腹脹一兩小時才會透過打嗝或放屁緩解的原因。健康的人，小腸是沒什麼細菌的，營養素可以被人體充分的吸收，所以也較不會有發酵產氣的問題。
小腸的後段接近大腸的地方，細菌數會慢慢的提高，由於大部分的營養素，尤其是碳水化合物（醣），都已經被分解及吸收，因此漸漸增加的細菌也不會那麼容易產生發酵反應，到了大腸，該被吸收的營養素都已經被吸收了，此刻，高濃度的細菌，就不再對胃腸道有威脅，反而會與水溶性纖維素產生發酵反應，製造出大腸所需要的短鏈必需脂肪酸，活益菌一般不會在小腸內佇足，不過，SIBO的患者由於腸部活動的不正常，會讓無論是好的或壞的菌都在小腸內的任何段落落腳繁殖，小腸的環境pH值偏鹼性，其實是比較不適合嗜酸性的活益菌滋長的，因此在小腸段快速繁殖的細菌，多半是會造成過度發酵或是分泌神經毒素的壞菌。
小腸細菌為什麼會過度滋長（SIBO）？（SIBO是怎麼來的）
小腸細菌主要有兩個來源，一個是來自沒有被胃酸充分殺菌的食物乳糜，這種狀況會造成小腸“前段”的細菌增生；另一個則是由直腸經由大腸逆流回滲。小腸與大腸交界處有一個單向的括約肌，能夠防止大腸內容物逆流，這就跟胃與食道間有一個防止胃酸逆流的括約肌是一樣的道理，因為括約肌無法完全的緊閉，導致大腸中的細菌回灌到小腸中，造成小腸後段的細菌增生。
除了這兩個外來細菌的來源外，不健康的小腸環境也可能是導致細菌增生的原因，怎麼說呢？首先，糖解酵素缺乏的人及喜歡高碳水化合物或甜食的人，都會提供小腸一個容易滋長細菌的環境，當人體缺乏將大分子的醣分解成小分子的單糖時，這些大分子的醣便“無法”穿過縝密而具有過濾功能的腸壁，然後進入絨毛內的微血管被人體吸收，這些無法被吸收的大分子醣就會成為小腸內細菌的絕佳養分。
另一種狀況則是喜歡甜食及高碳水化合物的人，糖分即使可以被分解，但因為吃太多了，體內的酵素系統來不及作業，加上糖分是細菌的直接營養素，所以細菌就有機可乘，造成增生問題，因此攝取太多糖分，不只養胖了自己，也養肥了小腸內的細菌， 這些都是屬於慢性產生小腸細菌增生的原因。
SIBO也可能與自體免疫有關，這種狀況通常是在一場腸胃炎發生之後，尤其是到異地去旅遊，所謂的水土不服後，從此胃腸功能就變得不對勁，即使吃了腸胃炎的藥把急性症狀給緩解了，最明顯的是排便習慣的改變，這是因為造成腸胃炎的微生物感染後，即使微生物已經不存在，但是這些微生物會啟動免疫系統開始攻擊宿主腸道的神經系統，尤其是具有清道夫功能的位移運動複合系統(Migrating Motor Complex＝MMC)，於是原本透過清道夫運動可以被清理掉的細菌，就會在小腸駐紮下來，如果外加宿主提供了適合他們生長的環境，這些細菌就會開始破壞腸道功能的正常運作。
壓力大也可能讓細菌長錯地方
交感與副交感神經的失衡，又稱為自主神經失調的患者，往往導因於抗壓力不足或是無法避免的長期處於高壓力的生活型態下，導致交感神經過度興奮，相對的副交感神經則會被抑制，我們的消化系統的功能，包括胰臟分泌酵素的功能、前面提到位移運動複合系統的正常運作、胃腸黏膜細胞的正常運作等，全部都是由交感神經所控制，當人處於壓力狀態，交感神經被過度活躍後，副交感神經便無法發揮正常功能，於是這些由副交感神經控制的消化系統功能便會被抑制，因為消化酵素分泌、胃腸運動的不正常，導致消化功能下降，同時MMC的運作也無法正常運作，於是小腸內的細菌無法被有效的清除，於是便會在小腸中駐足滋生。
除了以上這些常見的原因以外，引發小腸細菌增生的原因還有很多，例如肝硬化的患者，洗腎患者，糖尿病患者等，因為體內酸鹼度的改變，消化液分泌的不正常，以及腸胃神經系統的受損等，造成腸胃運動的不正常，導致留滯在小腸的食物時間過長，也是造成細菌增生的原因之一，因為小腸增生的細菌（SIBO）所分泌的神經毒素也會回頭來破壞胃腸道的運動，尤其是位移運動複合系統(Migrating Motor Complex)的功能缺損，然後惡性循環的導致更多細菌留滯在小腸內，無法被移動而清除，同時更加惡化SIBO的病情。
BOX
胃酸會不會把補充進去的活益菌給殺死？
答案是「可能」會的，有些活益菌會被放進腸溶膠囊中，避免被胃酸破壞，有些廠商會製作成晶球概念，其實就微小腸溶錠的觀念，然而，源自於人類體內的活益菌，其實是耐胃酸的，因此不需要這樣的保護，要確保你吃進去的活益菌能夠活著的到達大腸部分，研發活益菌公司必須提出通過耐胃酸（強酸）以及膽汁（鹼性）的存活測試結果，這樣的活益菌產品就不需要腸溶膠囊或是晶球保護，耐酸耐膽汁的活益菌有什麼好處呢？中國人都有共食的習慣，因此很容易會被幽門桿菌感染。幽門桿菌感染與胃十二指腸潰瘍，慢性胃炎及胰臟炎有著密切的關係，很多活益菌都具有抑制幽門桿菌滋長的功能，讓晶球或是腸溶膠囊將活益菌包覆，活益菌無法在胃部崩解釋出，因此而失去這個保護胃部健康的優勢，加拿大健康局有嚴格規定，在加拿大合法上市，另有自然健康產品字號NPN的活益菌產品，一定要能夠通過耐胃酸及膽鹼測試的菌種。